En perros y gatos que muestran signos clínicos de AFR (del inglés, reacciones adversas a los alimentos: alergias o intolerancias alimentarias), puede emplearse una dieta de proteínas de fuente única como método de diagnóstico o como tratamiento a largo plazo. La mayoría de las AFR los generan las proteínas, por lo que la dieta de proteínas de fuente única puede ayudar a limitar la exposición a alérgenos potenciales y es beneficiosa para perros y gatos que padecen alergias o intolerancias.
El uso profiláctico de alimentos monoproteicos para mascotas que, en consecuencia, limita el contacto del cuerpo con diversas proteínas, puede provocar alteraciones en la respuesta normal del sistema inmunitario del cuerpo. Por lo tanto, en mascotas sanas, no es necesario limitar las fuentes de proteínas en su comida, siempre y cuando se alimenten con una dieta completa y equilibrada.